Den første mølle bygget i træ i 1744 brændte i år 1800.
Møllen var centrum for voldsomme kampe i de slesvigske krige: 1848-1849 og 1864.
Møllen blev ødelagt begge gange, men genopført.
1848 indrettes der en observationspost for det danske militær i møllen.
I Dybbøl sogn står danske og preussiske tropper over for hinanden før kampene den 5. juni 1848.
Den 13. april 1849 brænder møllen under kampe mellem danske tropper og en preussisk styrke på 11.000 mand, som forgæves forsøgte at sætte over til Als. Møllen blev genopbygget først i 1853.
1864 oprettede det danske militær en observations- og signalpost i Dybbøl Mølle. Ved hjælp af vingerne er det muligt at signalere til de danske tropper, der er indkvarteret på Als. Fra den 15. marts var møllen under konstant beskydning, og den 10. april blev møllen skudt i brand af de preussiske tropper. Møllehatten og vingerne brændte og akselen styrtede ned. Stormen på Dybbøl havde møllen i centrum.
Møllen blev genopført kort efter den 18. april 1864.
Efter 1864 blev møllen og skanserne et nationalt symbol.
1895 blev møllen overtaget af et selskab med fremtrædende danske og dansksindede sønderjyder.
Efter 1. Verdenskrig (1914-1918) og Genforeningen i 1920 blev møllen i 1920 overdraget til en selvejende institution og drevet ved hjælp af forpagtere.
Den 28. maj 1935 kom ulykkesnatten, da der ved kortslutning gik ild i møllen.
Det var et storslået, sørgeligt syn at se de fire brændende møllevinger tegne deres ildkors mod den mørke nattehimmel.
Forsikringen dækkede kun halvdelen af omkostningerne ved genopførelsen. En varmhjertet københavnsk rigmand (Daells varehus) sagde: ‘‘Hvad det koster ud over forsikringen, betaler jeg’’. Det kostede ham ca. 35.000 kroner.
Mølleriet ophørte i 1990 og i 1995 indrettes udstillinger i møllen og kornmagasinet.
Da Dybbøl Mølle gik op i luer
Lidt over midnat tirsdag den 28. maj 1935 nedbrændte Dybbøl Mølle af uopklaret årsag. Det var Margrethe Hansen, datter af den gamle møller, der slog alarm.
Foruden brandkorpset, der kun kunne få vand fra en snart udtømt brønd, kom to kompagnier soldater af 12. bataillon fra Sønderborg til undsætning - især for at rømme de historiske ting fra museet i møllehuset, der heldigvis blev skånet på grund af en gunstig vind. Så tingene kunne senere på natten flyttes tilbage.
Ude på vejen og rundt om markerne stod hundredvis af mennesker og betragtede det dramatiske, men triste skue. Ti minutter i to faldt møllevingerne ned med et voldsomt brag på baghusets tag, der knustess. Flammerne stod om et krater op af møllen.
Den første mølle på banken blev bygget allerede i 1744. Den blev den 13. april 1849 skudt i grus. Den 10. april 1864 blev møllen atter bombarderet. Selvfølgelig var der enighed om, at møllen efter branden i 1935 skulle genrejses som det nationale symbol, der med Helge Rodes ord "maler Danmarks hvede, Danmarks rug".
En af landsdelens journalister, der havde korrespondance til "Politiken", forsøgte i øvrigt at rapportere det skete til bladet. Men han blev hånende afvist med en bemærkning om, at "han nok havde det festligt". Ingen på Rådhuspladsen i København ville tro, at landets nationale symbol brændte.
Så nyheden kom kun i Jydske og Berlingske.