Møllen blev bygget i 1685 og hed oprindelig Thomas Jessens mølle. Den lå på bygmester Otto Lorentzens grund i Alsgade. Thomas Jessen var først møller i Blæsborg og var dygtig til at bygge stubmøller. Hans mølle i Sønderborg var da også en sådan, bygget af egetræ.
I 1760 blev den overtaget af Jep Asmussen Kuafmann, i hvis slægt møllen var i knap hundrede år.
Den første stubmølle blev i 1865 flyttet til Saksborg i Burkal sogn.
I 1848 Havde Michael Kaufmann købt en smuk og solid egetræsmølle på herregården Skjoldmose på Sydfyn. Møllen havde 42 alens vindfang. Desuden drev Kaufmann en maltmølle, som i 1872 blev nedbrudt.
I1870 byggede Kaufmann en dampmølle med 20 atmosfæres tryk. I den fandtes 2 store franskkværne, 4 valsestole og 4 centrifugalsigter med triøre og pudsemaskine. Siden har Margrethe-møllen været på flere hænder. Den sidste ejer var købmand Boysen, Flensborg, der havde Marcus Petersen som bestyrer.
Margrethe-møllen brændte den 30. december 1913 i en forrygende snestorm fra nordøst. Branden mentes at være påsat. Det lykkedes at få 80 sække med ud. Det glødende mølleskrog tog sig pragtfuldt ud mod den mørke nattehimmel og sendte i den stærke nordøstenstorm en regn af gnister ud over de omkringliggende huse. Ved 2:30 tiden styrtede møllen sammen med et brag. Den var forsikret for 26.000 mark.