Spiren til mejeriet blev lagt stormflodsdagen den 13. november 1872, da den første mælk blev leveret til et lille mejeri i Ulkebølskov, som 7 landmænd i fællesskab havde ladet opføre.
I 1906 købte Sønderborg det nuværende Løngang 2 (nedrevet 2013), der var oprettet af en privatmand i 1900. 1. oktober begyndte den ny virksomhed med 3 salgsvogne, 2 udsalgssteder og 92 interessenter under navnet SØNDERBORG ANDELSMEJERI.
1. september 1921 tilsluttedes Vollerup Mejeri, og antallet af andelshaver kom op på 150. Derved blev mejeriet Sønderjyllands største med en årlig indvejet mælkeproduktion på 7 mill. pund (3½ mill. kg).
I 1926 blev domænegården Rønhave og de 28 omliggende, udstykkede husmandssteder tilsluttet.
I 1928 optog virksomheden en produktion af iscreme under navnet "Als Fløde Is". Pladsforholdene blev efter hånden så trange, at der måtte en udvidelse til. Dette skete 1931, hvorefter hele grunden Løngang 2 var fuldt udnyttet - så godt og vel endda, idet stigende produktion og salg medførte, at under og især efter 2. verdenskrig var ofte op til halvdelen af hovedvej 8 ud for mejeriet beslaglagt af mejeriets køretøjer.
1941 fik mejeriet koncession på al mælkehandel på Sønderborgs Alsside, og Dybbøl Mejeri fik tilsvarende på Sundervedsiden.
Trange og uhensigtsmæssige forhold medførte, at mejeriet i 1951 flyttede driften til et nyopført anlæg på den tidligere Oliemølles grund. Den årlige mælkeindvejning var da på godt 7 mill. kg.
I 1961 var kampen om markedet for iscreme blevet så hård, at man fandt det hensigtsmæssigt at afhænde isfabrikken "Als Flødeis", og de nye ejere nedlagde ret hurtigt fabrikationen i Sønderborg.