Da den tyske marine udbyggede havnen til flådebase, kom der liv ved kajerne i Sønderborg. Stocks & Kolbe fra Kiel placerede et mindre reparationsværft på Sundevedsiden nord for banegården, hvor senere Sønderborg Skibsværft A/S kom til at ligge. 

I en årrække efte 1920, da Stocks & Kolbe  havde trukket sig tilbage, gjordes der især efter 1940 ihærdige forsøg på at starte på ny, men forgæves. 

Efter krigsafslutningen blev C. G. Schumanns Skibsværft & Maskinværksted konfiskeret af staten og senere solgt på auktion. En række lokale investorer samt nogle fra Sjælland stiftede i 1947 Sønderborg Skibsværft I/S. Det udført en række markante ombygning og leverede en enkelt nybygning inden det måtte lukke med et stort underskud i 1950. Blandt de markante ombygning var den engelske fragt Byron, der blev til passagerskibet Friendship. Det er dog nok mest kendt som ekspeditionsskibet Galathea, der udført den anden Galathea ekspedition i 1951-52.

Efter Sønderborg Skibsværft prøvede Ejner S. Petersen kræfter med skibsbyggeriet i Sønderborg. Det blev dog en kort om gang, da værftet måtte lukke i 1953, da et betydelig underskud på en lystyacht for en amerikansk kunde førte til konkurs.

Efter Ejner S. Petersen fulgte Alssund Skibsværft, der blev stiftet af Brødrene Weiss fra Toft. De skaffede yderligere aktionærer til værftet, der fik del i 1950’ernes stigende behov nye skibe og takket været et samarbejde med det københavnske skibsingeniørfirma Knud E. Hansen fik værftet kontakt med en række norske skibsredere. Derfor havde værftet i slutningen af 1957 en ordrebog med ni skibe, der alle skulle bygges for norsk regning. Desværre gik det ikke som planlagt og værftet måtte hen i midten af 1958 gå i betalingsstandsning og med udgangen af året lukkede værftet i konkurs. Herefter var der stille en i periode.

Anlægget blev solgt til staten på en tvangsauktion i maj 1959, men senere samme år solgt videre til skibsbygmester Søren Andersen fra Esbjerg. Han startede med at bygge fiskekuttere af træ, som han havde gjort i Esbjerg, men i løbet af et års tid kom der gang i bygning af stålkuttere og den første coaster af en type, der blev kaldt Stegsvig-typen. Coasteren blev en succes på markederne og derfor købte en række redere og investorer i de efterfølgende 10 i alt 18 skibe af samme type. Sønderborg Skibsværft, som dette værfts navn, fortsatte med bygning af større coastere også i serier. Dette mønster fortsatte helt frem til juli 1978, da værftet, som i mellemtiden var blev overtaget af Søren Andersens søn Arne, måtte gå i betalingsstandsning. Værftet havde regnet forkert på bygning af en 4.400-tonner, som var den største nybygning hidtil fra værftet. Nybygningen havde fået navnet Ole Sif og blev ved leveringen i december 1978 det sidste skib fra Sønderborg Skibsværft, som lukkede umiddelbart efter. Selvom Søren Andersen og søn holdt værftet i gang i næsten 20 år, var det langt fra nogen guldgrube. Gang på gang måtte værftet kæmpe sig frem for at skaffe nye ordrer og skaffe den tilhørende finansiering.