1) Hertug Hans den Yngre, søn af Kong Christian III. og Dronning Dorothea, født den 25. Marts 1545 paa Koldinghus, død paa Glücksborg Slot den 9. Oktober 1622.
2) Hans første Gemalinde, Elisabeth af Braunschweig- Grubenhagen, død den 11. Februar 1586.
3) Hertuginde Agnes Hedvig (død 1616).
3) Hans anden Gemalinde, Agnes Hedwig af Anhalt, født den 12. Marts 1573, død den 3. November 1616.
4) Hertug Johann Adolf af Nordborg, Søn af Hertug Hans, født 17. September 1576, død uden arvinger 21. februar 1624.
5) Prinsesse Eleonore datter af Hertug Hans, født 4. april 1590, død den 13. april 1629
6) Agnes Magdalena, datter af Hertug Hans d. Y., død 17. Mai 1607
7) Dorothea Sybylla, barn af Hertug Hans den yngre (født og død 1597).
7) Dorothea Sibylla, født 13. Juli og død 21. August 1597
8) Dorothea Maria, barn af Hertug Hans den yngre født 13. Juli 1599, død 27. Marts 1600.
9) Bernhard, barn af Hertug Hans den yngre, født 12. April og død 26. April 1601.

10)Hertug Alexander, ældste søn af Hertug Hans den Yngre, født den 20. januar 1573, død den 13. maj 1627. Stifter af den sønderborgske linje.
11) Hans Hustru, Dorothea af Schwarzburg-Hohenstein, født 25. august 1579, død 5. juli 1639.
12) Hertug Johan Christian, søn af Hertug Alexander (død 1653).
12) Hertug Johann Christian af Sønderborg-Franzhagen, søn af Hertug Alexander, født 26. april 1607, død 30. juni 1653.
13)Hertuginde Anna af Oldenborg og Delmenhorst, Johann Christian's (Sønderborg-Franzhagen) Gemalinde, død 12. December 1668.
14) Georg Friedrich, søn af Hertug Alexander, født 18. december 1611, død 23. august 1676.
15) Anna Elisabeth, datter af Hertug Alexander, død 1616.
16) Adolf, søn af Hertug Alexander født 2. Februar 1613, død 1. Februar 1616.
17) Wilhelm Anton, søn af Hertug Alexander, født og død 2. April 1616.
18) Eleonora Sabine, datter af Hertug Alexander, født og død 27. Februar 1619

19) Hertug Ernst Günther, født den 14. oktober 1609, død den 18. januar 1689, stamfader til den augustenborgske linie.
20) Hans Gemalinde Augusta af Glücksborg, født den 27. juni 1633, død den 26. maj 1701 i Augustenborg.
21) Friedrich. Wilhelm af Augustenborg, Søn af Ernst Günther, Domprovst i Hamborg og dansk Generalmajor, født den 18. November 1668, død den 3. Juni 1714.
22) Hans Gemalinde Sophie Amalie v. Ahlefeldt-Langeland, født 1674, formælet 27. November 1694, død 1742.
23) Deres søn Hertug Christian August af Augustenborg (den ældre), født den 4. august 1696, formælet 18. maj 1720, død den 20. Januar 1754.
24) Hans Gemalinde Friederike Louise Danneskjold-Samsø, født den 2. Oktober 1699, død den 2. December 1744.
25) Prinsesse Louise Sophie, datter af Hertug Frederik Wilhelm, født den 21. Marts 1699, død den 16. Oktober 1765.
26) Prins Emil August, søn af Hertug Christian August I (død 1786).
27) Prinsesse Sophie Charlotte, datter af Hertug Christian August I, født den 31. maj 1725, død den 7. oktober 1752.
28) Prinsesse Christiane Ulrikke, datter af Hertug Christian August I, født den 15. marts 1727, død den 23. oktober 1794.
29) Prinsesse Sophie Magdalene, datter af Hertug Christian August I, født den 23 maj 1731, død den 2. juli 1799
30) Prinsesse Charlotte Amalie, datter af Hertug Christian August I, født den 24. januar 1736, død den 22. marts 1815
31) Prinsesse Charlotte Amalie, datter af Hertug Christian August hertuginde Frederikke Louise, født og død 1739
32) Dødfødt pige, datter af hertug Christian augsut II og hertuginde Louise Sophie, død 1837.
33) Alexander, Søn af hertug Christian August II., født 20. juli 1821, død 3. maj 1823.
34) Wilhelmine Friederikke, datter af Christian August II og hertuginde Louise Sophie, født 24. marts 1828, død 4. juli 1829
35) Prinsesse Marie Frederikke, datter af Prinsen af Noer’s (død 1839).
45.Prinsesse Marie Friederikke Caroline, Datter af Prinsen af Noer og prinsesse Henriette, født 8. September 1838, død 3. Februar 1839.
36) Kiste uden påskrift, må formodes at indeholde liget af en datter af Hertug Frederik Wilhelm.

37) Hertug Friedrich Karl Ludvig af Sønderborg- Beck, dansk General, født den 20. August 1757, Hertug 1775, død den 25. Marts 1816.
38) Hans Gemalinde Friederikke Amalie, datter af grev Leopold v. Schlieben, født den 28. februar 1757, død den 17. december 1827. De to sidstnævnte er Kong Christian IX. Bedsteforældre.
39) Charlotte Marie, datter af hertug Friedrich Wilhelm, født den 5. september 1697, formælet med hertug Philipp Ernst af Glücksborg den 17. Oktober 1726, død den 30 April 1760.

40) Hertug Friedrich Christian. I. af Augustenborg, født den 6. april 1721, død den 13. november 1794.
41) Hans gemalinde Charlotte Amalie Wilhelmine af Holsten-Plön, født den 23. april 1744, formælet den 26. maj 1762, død den 11. oktober 1770.
42) Sophie Amalie, datter af hertug Frederik Christian I og hertuginde Charlotte Amalie, født 19. august, død 6. oktober 1769.
43) Carl Wilhelm, søn af Hertug Frederik Christian I, født 4. Oktober 1770, død 22. Februar 1771.
44) Prinsesse Louise, datter af Hertug Frederik Christian I og hertuginde Chrlotte Amalie, født 14. Februar 1763, død 27. Januar 1764..
45) Hertug Friedrich Christian II. af Augustenborg, født den 28. September 1765, død den 14. Juni 1814. Oldefader til den nuværende Hertug Ernst Winther og Kejserinde Auguste Victoria.
46) Hans Gemalinde Louise Augusta, datter af kong Christian VII. og dronning Karoline Mathilde, født den 7. juli 1771, formælet den 27. maj 1786, død paa sit enkesæde ved Augustenborg slot, det saakaldte lille palæ, den 13. Januar 1843.