i Slottets Nordfløj glæder Øjet med sin herligste Renaissance. Den er bygget i Aarene 1568-1570 af Dronning Dorothea, Christian III.'s Gemalinde. En Indskrift til venstre for Indgangen lyder :

 DIESE CAPEL UND DAS SCHLOS,
HAT GEBAWFT, DOROTHEA DIE
ANDERE, DES NAMES VON GOTS
GNADEN, KÔNIGIN ZV DENEMARCK,
GEBORne HERTZOGIN ZV
PHALN. CHRISIANI DESZ KÖ-
NIGEN ZV DENNEMARCKS NACH
GELASSENE WITWE VND IST DZ
GEBWEWANGEFANGEN ANO1568
VND VOLENDET AN 1570

Denne Indskrift kan kun hentyde til Kirkens, ikke til Slottets Bygning. Slottets Nordfløj, i hvilken Dronning Dorothea har indrettet Kirken, hører uden Tvivl til den meget ældre Slotsbygning. Man maa antage, at denne Fløj samtidig med Udbygningen af Kirken delvis er bleven ombygget. Ligeledes maa det antages, at Dronningen, paa Grund af Slottets Afstaaelse til hendes Søn, Hertug Hans den Yngre, er bleven foranlediget til at bygge Kirken for hans Skyld, da der paa Galeriet er anbragt to lukkede Kirkestole, paa Nordsiden til Hertugen og paa Sydsiden til Hertuginden. Efter gammel Fortælling er der ogsaa andre Grunde, der har bevæget Dronning Dorothea til at bygge den nye Kirke. Hendes Gemal, Kong Christian III., indførte Reformationen i Danmark. Dorothea selv var ivrig Protestant, hun mente ikke at kunde holde Gudstjeneste i en Kirke, hvor Katholicismen var bleven dyrket og derfor byggede hun Kirken i Slottets Nordfløj. Dronning Dorothea boede selv i denne Del af Slottet, naar hun opholdt sig i Sønderborg i Aarene fra 1559 til hendes Død, den 7. Oktober 1571.

De flade, ribbeløse men skarpkantete Hvælvninger bæres i Midten af en ca. 6 Meter høj Søjle af russisk Granit. Hvælvningkanterne havde før Guldstriber, som endnu ses under det nyere Kalklag. Paa Krydsningerne hænger træskaarne, rigtbemalede Englehoveder. Joniske Søjler bærer Galeriet, som løber om alle fire Vægge. Feltene er prydet med   Bibelsprog. Orglet er anbragt paa Vestgaleriet. Det er udmærket Arbejde og opført af Hertug Alexander (1622--27). Værket og Piberne er stjaalet omkring Aaret 1840. Orgeldørene er tinalede i prægtig Renaissancestil. Under Orglet findes Vaabener af Hertug Alexander og Hertuginde Dorothea, til venstre for disse Christian III. og Dronning Dorotheas Vaabener, til højre 3 Vaabener: Hertug Hans den Yngre og hans Hustruer Elisabeth af Braunschweig og Agnes Hedwig af Anhalt.

Nede for Orgelet staar den prægtige Døbesten Fadet er af russisk Marmor, det bæres af de fire Evangelister, udhugget i Alabast. Paa Laaget findes det danske og det saksiske Vaaben, ligeledes udhugget i Alabast og belagt med Farve. Fire Alabastfigurer, som var anbragt paa Laaget, er forsvundne.

Den høje Prædikestol har smukt Billedhuggerarbejde. Alteret hører til de bedste Maleri-Altere af hjemlig Renaissance. Det er et Lukke-Alter uden Arkitektur. Hovedbilledet viser Korsfæstelsen, paa Fløjene: Abraham ofrer Isaak og Slangen ophøjes. Det lukkede Alter viser Billederne: Den yderste Dag og Meneskets Skabelse.

Kunstværker. Det er en herlig Arkitektur i Alabast og sort Marmor. To Søjler paa hver Side af den rundbuede Dør bærer Epitaphiet. Hertug Hans den Yngre (†1622) og hans Gemalinde Elisab&th (†1586) knæler med fjorten Børn foran et Relief af Opstandelsen. Des-   uden findes V aabener og Indskrift. Værket skal være italiensk Arbejde og udført kort efter Aar 1600.
Kirken har ikke været benyttet til Gudstjeneste i de sidste 200 Aar. Kun ved Bisættelse af Lig blev der holdt Sørgegudstjeneste og dette skete sidste Gang i Aaret 1843, ved HertugindeLuise,.Auguste's   Bisættelse. Der siges, at de Numre, som endnu findes paa Tavlerne, blev afsungne over hendes Baare.
Paa Trappevæggene op til Galeriet findes en Mængde Navne indskaarne med Aarstal fra 1570 til 1650. Der findes blandt disse Navne af hertugelige Hofembedsmænd og Hofkavalerer, desuden mange Bomærker og Figurer.