Den 9. april 1940 var der omkring 400 mand på kasernen. Da alarmen lød rykkede enhederne ud og besatte områderne Avnbjerg-Frydendal, nord for byen, og brohoved skanserne, på Dybbøl siden. Der blev afsendt en enhed til Ulkebøl efter der havde været forlydener om tysk landsætning ved Mommark. I kasernens flagtårn blev der opstillet luftværnsrekylgevær, som åbnede ild mod 3 tyske fly der fløj lavt henover kasernen. Men det var faktisk det tætteste man kom på ildkamp i Sønderborg. De egentlige træfninger foregik længere vest på. Den tyske okkupation var nu en realitet, men uddannelsen på skolen fortsatte.

Det var kun 20 år siden at tyskerne havde forladt Sønderborg i forbindelse med genforeningen, og nu var de her igen, så frygten var ikke så langt væk for en stor del af indbyggerne. Det var blandt andet derfor at garnisonen gennemførte en march gennem byen den 15 juni 1940, Genforeningsdagen. Denne manifestation satte de danske stor pris på, og det gjorde de tyske også, om end med omvendt fortegn. Oberst H. E. Christensen som var garnisonskommandant i Sønderborg blev i den forbindelse forsat til en Sjællands garnison. Hans afrejse blev markeret med en stor afskedsfest på Sønderborghus. Året efter modtog garnisonen det genoprettede musikkorps. Korpset spillede på Rådhustorvet for 8-10.000 mennesker. Denne form for demonstration af dansk nationalfølelse har sikkert heller ikke faldet i tysk smag.