En af garnisonens første officielle pligter var at marchere til Dybbøl for at nedlægge kranse og ære de faldne fra april 1864. Senere gik turen til Kær halvø for at mindes de faldne fra 29. juni (tyskernes overgang af Alssund). Begge disse begivenheder gennemføres den dag i dag. På Dybbøldagen, den 18. april, er der kransenedlæggelse, taler, parade og march gennem Sønderborg by og den 29. juni nedlægges der kranse på et antal krigergrave på Kær halvø.

Sønderjyske Kommando var fordelt på 3 garnisoner, Sønderborg, Tønder og Haderslev.

I Sønderborg: Chefen for kommandoet, Oberst C. C. F. Moltke og dennes stab, første bataljon med stab, korporalskole og et kompagni.

I Tønder: Anden bataljon med stab, korporalskole, et kompagni og rytterstyrken.

I Haderslev: Tredje bataljon med stab, korporalskole og to kompagnier.