Det betød i 1910 at Sønderborg gik fra 500 til 2.000 soldater eller det samme som forøgelse af indbyggertallet på 25%. Udover at være marinestation skulle der også være skibsartilleriskole.

I år 1914 varslede det atter krig og dårlige tider. Marinestationen blev sat i alarmberedskab og de tilstedeværende skibe stak til søs. Der blev proklameret mobilisering og en del af danske sønderborgere og øvrige sønderjyder syd for Kongeåen, blev tvunget i tysk tjeneste, for at kæmpe for en sag der ikke var deres; I værste fald kunne det komme på tale at skulle kæmpe mod Danmark og andre danskere. Første verdenskrig var en realitet. Tyskerne tog deres forholdsregler og arresterede "mistænkelige politiske personer" og danske "tysk-militærnægtere". Disse blev anbragt enten i det nyoprettede amtsstatsfængsel på Kongevej eller på Sønderborghus som var blevet militært beslaglagt. Personer der direkte var mistænkt for spionage røg lige lugt i fangekælderen på Sønderborg Slot. Senere blev alle krigsrelaterede fanger overført til Sønderborg Slot, dog ikke fangekælderen.

Sønderborg Slot havde god plads eftersom infanteribataljonen var draget til fronten. En uges tid efter overflytningen til slottet begyndte tyskerne at løslade enkelte fanger der var ved landbruget, fordi de ikke kunne undværes på bedrifterne og en måneds tid senere blev de sidste fanger løsladt. Løsladelsen var dog ikke betingelsesløs og de løsladte måtte love ikke at udvise utysk sindelag. Sønderborgerne måtte konstatere at krigen også krævede sin pris i byen, da pontonbroen i august 1914 blev fjernet for at blive brugt andet steds. Den tyske bataljon havde jo forladt slottet og broen over Alssund havde mistet sin militære betydning i området. Herefter måtte overfarten klares med fiskerbåde, en enkelt motorbåd og en improviseret tovfærge. Pontonbroen kom dog tilbage efter et par måneder.