Et vigtigt stykke i Sønderborg slots historie er Kong Christian II's syttenårige fangenskab fra 1532-1549.

Christian II. blev afsat som konge 1523, fordi han gjorde forsøg på at ophæve adelens og gejstlighedens privilegier. Hans onkel, hertug Frederik, blev udnævnt konge. 

Efter at Christian II. havde flakket omkring i udlandet i ni år (1523-1532) vendte han tilbage til Danmark, men hans onkel, Frederik I, satte ham i begyndelsen af august 1532 i fængsel på Sønderborg Slot, hvor han sad indtil i februar 1549, da han blev overført til Kalundborg Slot. 

Kongen havde fået anvist et tårnkammer i første etage af det "Blå Tårn". I Traps topograhpi (II. bd. s. 389) hedder det: "Han var indespærret i et kammer i slottets sydøstlige tårn, og havde kun sin norske dværg og efter at have mistet ham, en gammel soldat til selskab; døren blev muret til efter ham. Igennem et hul på væggen  rakte man ham maden og lyset fik han igennem et vindue med tykke jernstænger. I en niche stod kongens seng, i en anden en kamin og i midten et stort marmorbord, i hvis plade der skal have dannet sig en fure af hans finger, når han gik rundt om bordet, ligesom også gulvets stene har mærker af hans tunge vandringer. - - "

Denne skildring af en i højeste grad grusom behandling kan ikke fastholdes efter de nyere forskninger. Skildringen af gehejmarkivar Petersen i "Danske Magasin" III. hefte må betragtes som det hidtil bedste materiale vedrørende kongens fangenskab, og som det, der står virkeligheden nærmest.

Efter endnu bevarede dokumenter og regninger over husholdningen på slottet at dømme, er kong Christian i alle de år, han sad fangen på slottet, bleven behandlet som kongelig person, hvad forplejning, mad og klæder angår.

I instruktionen af august 1532 hedder det, at man skulle anvise kongen "auf dem blowen Durm eyne gepurliche Kammer woll verwart, oder wo es do nit gelegen, an eynen andern Orth auf solchem unsern Slos".  - Det "Blå Tårn" på slottets sydøsthjørne bliver bestandig nævnt som kongens fængsel. Som det fremgår af andre akter, kunne han gå frit omkring på slottet og dets omgivelser og endnu i de sidste år, da det var kongen tilladt at gå u i byen og på jagt, bliver det "Blå Tårn" nævnt som hans bolig, i hver tilfælde hvor han tilbragte natten.

Som tårnkammeret skildres i et gammelt skrift havde det højhvælvede rum  et gennemsnit af 12 meter uden de store nicher i den 3,6 meter tykke mur. Rummet havde 2 store vinduer, det ene mod syd og det andet mod nordøst, med udsigt over byen. At kongen opholdt sig mest i dette rum har sin naturlige forklaring deri, at tårne og karnapper i de gamle borge for det meste var indrettet til beboelse, da de bød den frieste udsigt. I året 1541 fik kongen ifølge de bevarede regninger blandet andet et nyt træbord; derved drages historien om furen i stenbordet stærkt i tvivl.

Det "Blå Tårn" blev nedbrudt i 1755. I dette år besøgte kong Frederik V. Sønderborg, og ved samme lejlighed ville han bese slottet. Han førtes af rådsherrerne, og da kongen gik over slotspladsen, sagde en af disse: "Det er Christian den Ondes tårn." Kongen blev vred og svarede: "Hvad ondt har denne konge gjort Eder?" og straks begav kong Frederik sig ud af byen uden at bese slottet. Otte dage senere lagde et stort skib til uden for slottet, det havde murere og tømrere ombord. Disse nedbrød det gamle tårn og medtog alt, hvad der mindede om Christian II. og hans fangenskab. Hvor disse genstande kom hen, vidste ingen, men der siges, at det blev kastet på havets bund, da skibet var kommen uden for Als.

Af Christian II's fængsel er der endnu en rest tilbage, nemlig den del af de runde tårnkammer, som går ind i bygningen. Ligeledes er "Christian II's gang" endnu at se, den fører fra  det sydøstlige trappetårn, som ligger inde selve bygningen, igennem den 4 meter tykke mur til tårnkammeret. Op ad dette trappetårn og igennem denne gang skal kongen være blevet ført, da han tiltrådte sit 17-årige fangenskab. Trappetårnet kalde i folkemunde "Christian II's tårn".

Kilde: J. Raben, Sønderborg slot, 1920