Havnesporet udgik fra Amtsbanegården i fortsættelse af hovedsporet. Krydsede Østergade mellem menighedshuset og Netto - tidl. pakkepostkontor. Viadukten over Østergade blev taget i brug i 25. april 1908.
Herfter bag Kongevej og ned til Voldgade, hvor sporet krydsede vest for nr. 10. Derefter ad Blegen og over Strandvejen og om mod slottet ad det, der i dag er cykelsti.
Her delte sporet sig, den ene gren gik langs havnen foran Toldkammeret. Den anden gren fortsatte ad Sønder Havnegade og Nordre Havnegade til Valsemøllen. På den sidste strækning var der anlagt to omløbsspor og et blindt læssespor.
