Sønderborg fik sin første banegård på Sundeved-siden i 1901. Da blev banen åbnet og det første tog kørte mod Tinglev. Det var især forbindelse til Flensborg, der var afgørende. 

Stationen kom til at virke de næste 66 år. I 1930, da Chr. Xs bro blev bygget kom der første omgang forbindelse til Amtsbanen på Als. Da Amtsbanen var smalsporet, måtte godsvognene omlades til en såkaldt vognbjørn til viderebefording på smalsporet. 

I 1933 nedlagdes Amtsbanerne, og Mommak-banen oprettedes med normalspor op gennem byen og videre til Mommark. 

Denne forbindelse blev erstattet af busser i 1962, og tilbage var kun godstrafik til havnen.

Banegården var imidlertid blevet for lille og utidsvarende, og i 1967 kunne man så indvi en ny og moderne banegård, der kunne leve op til tidens krav.

Godstransporten med bane forsvandt fra Sønderborg og i forbindelse med bygningen af Alsion i 2005, blev Sønderborg H nedlagt og erstattet med en perron uden ventemuligheder.